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论细胞STR鉴定的重要性!
发布时间: 2020-09-14 发布人:生物在线 打印 关闭

您是否有这样的困惑?

老是重复不出文献里的细胞实验数据!

是否有这种不太喜欢的经历?

细胞实验结果总是不达预期?

甚至连自己也无法重复曾经做过的细胞实验结果!

面对这些问题,您是否怀疑过您用的细胞或者文献里用的细胞不是真的该细胞!

不是真的该细胞!


据统计,现在有大约30%的细胞系污染有别的细胞,或者被错误辨识(就是本来是A细胞,却被当着B细胞在使用)。被污染或错误辨识的细胞导致结果不可重复,或者结论错误。由此导致浪费了自己大量的时间,金钱,甚至被同行看轻......

包括Nature、Science等著名杂志,以及ATCC、NIH等机构都呼吁科研人员对细胞进行鉴定。现在,越来越多的杂志在投稿时要求撰稿人提供细胞STR分析数据。

STR(Short tandem repeats,短串联重复序列),顾名思义,指短的(核心序列一般是2-6个碱基),连成串的,重复序列。分布广泛(广泛分布于人和哺乳动物基因组,约占人类基因组序列的3%),串联的碱基重复次数不同而具有高度的多态性。

如:CACACACA、AATGAATGAATG等

现在,STR已被ATCC等机构作为细胞鉴定的金标准

STR分型分为四步:


一、DNA提取

可用市面上商业化的DNA提取试剂盒进行。总的原则是:提取的DNA纯度要高,无蛋白、RNA、脂类、糖类等污染;提取的DNA完整,片段要长,无降解。

二、PCR扩增

这一步,要用PCR技术对目的片段进行扩增。这里常采用多重荧光PCR进行。一种细胞在一个基因位点上与别的细胞相似的几率较大,但同时在几个至几十个位点相似的几率就极小。因此,这里会对多个位点进行扩增,常常采用多重PCR进行。

普通PCR一般采用1对引物扩增1个目的片段,这里要对多个位点进行扩增,就需要设计多对引物。并且要注意引物扩增片段的长短,引物之间不能有相互作用,各对引物的退火温度要趋于一致。如果采用荧光标记,一般将荧光染料标记在目标序列其中一条引物的5’端,并且产物长度相同的片段的引物要标记不同颜色荧光。一般目的片段长度相差10bp以上的可以标记相同的荧光。为了避免荧光干扰,所用荧光染料的发射波长也要相差越大越好。



三、电泳

电泳可以采用聚丙烯酰胺凝胶电泳,再银染。现在,多重荧光PCR后常采用毛细管电泳进行。

毛细管电泳具有效率高,自动化程度高,易于分析等优点。其由电源、荧光光源、检测器、进样装置、电泳装置、电脑等构成。

这里一般采用毛细管凝胶电泳,当多重荧光PCR产物通过进样端进入到毛细管中后,变性的DNA在电泳中,DNA片段从小到大,依次通过位于正极的检测器。在这里,荧光染料受到激发,发出的光按强度被记录下来。根据各片段通过的时间和荧光强度和颜色制成图谱。

四、数据分析

将未知细胞的图谱与以同样方式等到的确定的基因Ladder相比较,从而得到未知样品的分型。

在STR分型图谱中,一个基因位点上为单峰,表示是纯合子;双峰表示杂合子;如果出现3个及以上的峰,表示有交叉污染或是有多倍体。峰越高表示该片段含量越多。在同一个位点上,出现在前面的峰,其片段长度短于后出现的峰。

拓普生物采用除包括ATCC检测的8个STR和1个性别决定位点外,还增加了12个位点 ,共检测21个STR位点。

STR分型图谱示例:



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